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达赖喇嘛和班禅喇嘛两大活佛系统属于藏传佛教格鲁派。格鲁派在明代兴起，三世达赖喇嘛本是格鲁派的一个寺院的住持。明朝中央特别开例，准予他入贡，1587年封赐他以“朵儿只唱”名号。

西藏地方官员犯法，亦由中央惩处。

清朝(公元1644—1911年)

1644年，清王朝取代了明王朝，进一步加强了对西藏的治理。清朝皇帝于1653年、1713年分别册封五世达赖喇嘛和五世班禅喇嘛，自此正式确定了达赖喇嘛和班禅额尔德尼的封号，以及他们在西藏的政治和宗教地位。达赖喇嘛在拉萨统治西藏的大部分地区，班禅额尔德尼在日喀则统治西藏的另一部分地区。1719年，清政府派军队进入西藏，驱逐盘踞拉萨三年之久的准噶尔部，着手改订西藏的行政体制。清朝皇帝封西康地区的一个青年活佛为七世达赖喇嘛，护送入藏；任命四名有功有名望的藏官为“噶伦”，管理西藏政务。1727年，设驻藏大臣，代表中央监督西藏地方行政，西藏与四川、云南、青海的界线，也于此时派员正式勘定。

为了完善西藏行政机构的职能，清朝多次颁下“章程”，整顿改革旧的制度，建立新的制度。1793年，颁布了《钦定藏内善后章程》，共二十九条。章程的主要内容有：

清政府掌握确定西藏各大活佛包括达赖喇嘛、班禅额尔德尼去世后转世灵童的大权。每逢一代达赖喇嘛、班禅额尔德尼和西藏各大转世活佛的转世灵童觅到时，即将灵童姓名缮写在签上，纳入中央颁发的金瓶，由驻藏大臣会集有关大活佛，掣签确定(金瓶和签现在仍保存在拉萨)。转世灵童的剃发、取法名、选定授戒的师傅和授经的师傅，也都须经过驻藏大臣奏报朝廷核准。当举行达赖喇嘛、班禅额尔德尼的坐床和亲政典礼时，中央派大员亲临监视。

驻藏大臣代表中央政府督办藏内事务，地位与达赖喇嘛、班禅额尔德尼平等。噶伦以下(包括噶伦)都是属员。

对西藏文武官员确定品级、名额和升补手续。最高一级藏族官员有噶伦四名、代本六名，由中央任命。噶伦、代本的年俸由中央发给。

在西藏成立正规藏军，名额3000人，规定了军官等级、人数，军饷补给来源，武器配备，驻防地点。另外，从内地调驻西藏各地官兵1400多名。藏汉军队统由中央派驻的官员管辖。

决定在西藏照内地之例，设立铸钱局，铸造官钱行使，银币正面背面分别用汉藏文字铸“乾隆宝藏”字样。

达赖喇嘛、班禅额尔德尼每年的财务收支，由驻藏大臣稽查总核。

西藏差役由全社会平均负担。贵族和大寺庙中实有劳绩可受优待免除差役者，须经过驻藏大臣及达赖喇嘛核准发给执照。

对来西藏贸易的尼泊尔、克什米尔商人要进行登记，造具名册，呈报驻藏大臣备案，由负责官员签发路证。凡外人要求到拉萨者，须听候驻藏大臣衙门审批。藏人出境至尼泊尔等地，由驻藏大臣签发路证，规定往返日期。

西藏西南部与印度、尼泊尔等国的边界上若干地点，设立国界标志，驻藏大臣每年出巡各地，检查驻军防务及界碑情况。

一切西藏涉外事宜均由驻藏大臣全权处理。噶伦不得与外方通信，达赖喇嘛、班禅额尔德尼接到外方信件、布施，俱报告驻藏大臣查验，并代为酌定回信。

对犯罪者的处罚，都要经过驻藏大臣审批。

从1727年始设驻藏大臣到清王朝覆灭的1911年，清中央政府先后派遣驻藏大臣达百余人。

中华民国(公元1912—1949年)

1911年秋，中国内地爆发了辛亥革命，推翻了统治中国近270年的清王朝，建立了中华民国。

中华民国一经成立，即宣布它是合汉、满、蒙、回、藏等民族为一体的共和国。1912年1月1日，中华民国第一任临时大总统孙中山在就职宣言书中向全世界昭告：“国家之本，在于人民，合汉、满、蒙、回、藏等诸地为一国，则合汉、满、蒙、回、藏诸族为一人，是曰民族之统一。”当时作为国旗的五色旗即象征五族为一体。3月，中华民国南京临时参议院颁布的民国第一部宪法《中华民国临时约法》明确规定，西藏是中华民国领土的一部分。

1912年8月10日，为组建中华民国第一届正式国会，北京政府颁布《中华中国国会组织法》和国会议员选举法，规定西藏地方民众参加选举的办法和被选举的议员直接参政。1927年，中国国民党在南京组建国民政府，并于1931年召开国民会议，十三世达赖喇嘛和九世班禅额尔德尼均派出正式代表参加。这次国民会议制订的《中华民国训政时期约法》总纲第一条规定：西藏是中华民国的领土。西藏地方政府和班禅的行政机构堪布厅的代表，还加了南京国民政府于1946年召开的国民大会。