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4月14日，马英九、萧万长在国民党中央党部接受记者采访，并宣布，“行政院长”将由东吴大学校长刘兆玄出任。对于萧万长以两岸共同市场基金会董事长身份参加博鳌亚洲论坛并与胡锦涛会面，马英九高度肯定，他认为“胡萧会”在自然、友善、务实的气氛下，对两岸问题做意见交换，对两岸关系有正面开创性的影响。萧万长则形容，胡锦涛态度务实友善，会面气氛融洽坦诚。他指出，改善两岸经贸关系是两岸民众的共同期待，应尽快建立沟通机制。马英九、萧万长还回答了记者提出的一系列问题。 中新社发 杜洋 摄

萧万长15日接受媒体专访时，对于其博鳌论坛之行遭绿营指摘表示不满，强调他“在前线打仗”，“后方却扯后腿”，他的感受是难过的；但他把这些批评看得很淡，因为他此行问心无愧。

据台湾《中国时报》报道，萧万长透露，他这次决定参加博鳌论坛，主要是因为3月26日胡锦涛和美国总统布什通话之后，他觉得两岸气氛好像“机会来了”，才决定报名参加论坛。

至于萧万长先后遭绿营指称持台胞证出访、25万美金买高规格待遇约等，萧万长说，他“在前线打仗”，“后方却扯后腿”，他的感受是难过的，觉得这对“前线打仗”的士气有影响。但他把这些批评看得很淡，因为他此行问心无愧。

萧万长坦言，这次博鳌之行，他和马英九都有预期会被部分人批判，但没有预期到许多质疑根本都不符事实。

萧万长表示，台湾一直在怕被边缘化，但台湾很多观念、想法、格局就是边缘化，结果一面怕被边缘化，但自己又自闭。所以他认为要让世界走进来，一定要台湾走出去，跟世界不接轨，台湾就孤岛一个。